Na černém trhu se objevila mutace smrtícího viru Marburg a prodejce se rozhodl předvést své zboží tím, že infikoval jednu africkou vesnici. APO má jediné nadějné vodítko: vědce jménem Magrite, jehož úspěchy při léčbě obětí nakažených Marburgem byly zřejmě příčinou jeho nenadálého zmizení. Agentka Sydney Bristowová a její otec Jack se opět ocitnou v terénu a dostanou se na stopu jeho únosci, ale odhalení místa, kde se Magrite nachází, je pouze prvním článkem řetězu překážek, které musejí překonat. Magrite skrývá tajemství, které přiměje Sydney ke konfrontaci s vlastní minulostí, a to právě v okamžiku, kdy se APO snaží zarazit distribuci této nové děsivé zbraně.